Créée en 1998, partie intégrante du groupe SNCF–Geodis, spécialisée dans les opérations de transports de marchandises, VFLI est la 3ème entreprise ferroviaire française.
VFLI propose une offre globale, intégrant des opérations logistiques.
Le 6 décembre 2012, l’entretien et la surveillance des lignes Avallon-Autun, Nevers-Arzembouy et Clamecy- Entrains ont été attribués par RFF au groupement VFLI-ATIF -la Dijonnaise de Voies Ferrées, dont VFLI est le mandataire.
Le 4 décembre 2012, la première des 6 locomotives Euro 4000 construites spécialement pour VFLI par Vossloh, a quitté Valence (Espagne) pour effectuer ses premiers essais en ligne.